La construcción de la Iglesia de la Virgen de Tobed, teniendo en cuenta las últimas investigaciones y a la espera de otras que iluminen algunos aspectos y actuaciones todavía en penumbra, es un proceso que se desarrolla durante la segunda mitad del siglo XIV y primeros años del siglo XV, alrededor de sesenta años en los que prácticamente no cesa la actividad constructiva, y que se prolonga con dos grandes actuaciones de reformas durante los siglos XVI y XVIII.
En ese proceso constructivo se destacan tres momentos o fases de fuerte impulso constructivo y otros en los que las obras se ralentizan en función de los avatares políticos, militares, económicos y religiosos de la época:
1ª Fase, siglo XIV (1356-1359)
Las obras se inician el 1 de abril de 1356, siendo Prior del Santo Sepulcro Domingo Martínez de Algaraví y Comendador de Tobed fray Juan Domingo. Se realiza un tramo de iglesia por campaña (6 meses de trabajos de abril a septiembre). El obispo de Tarazona, Pedro Pérez Calvillo, manda parar las obras. En este litigio entre la Orden del Santo Sepulcro y el Obispo ejercerá de arbitro el Arzobispo de Zaragoza, D. Lope Fernández de Luna, que el 3 de junio de 1359 dicta sentencia a favor de la Orden del Santo Sepulcro a la que quedan adscrito el santuario de Tobed y sus rentas, hasta 1851 en que por el Concordato entre España y el Vaticano las iglesias y posesiones de la Orden del Sepulcro pasan a la jurisdicción del obispo de Tarazona (diócesis escasa de medios que no podrá hacer frente a las reparaciones necesarias, comenzando el declive y la enajenación del patrimonio artístico de la iglesia). Del documento de la sentencia se deduce que ya se había acabado el presbiterio con su estructura de triple capilla y los dos primeros tramos de la nave.
Las obras parece que continúan ya que hay testimonio documental que en 1360 el Comendador de Tobed, fray Martín de Alpartir, contrata 50.000 ladrillos/rejolas con Mahoma Granada rejolero moro de Pedrola.
Falta por determinar la posible contribución de Enrique II de Trastámara, rey de Castilla, a la continuación de las obras. Este mantenía unas buenas relaciones con la Orden del Sepulcro, posiblemente por haberse refugiado aquí, en Tobed, durante la guerra civil con su hermano Pedro I.
En la clave del primer tramo de la Iglesia (se colocaría después de 1359 cuando se terminaron los dos tramos) se encuentra la Virgen de Tobed rodeada de los escudos del Sepulcro y el de Castilla/León. Hacia 1375, Enrique II dona a la Iglesia las tablas de la Virgen de la Leche, Historias de la Magdalena e Historias de San Juan Bautista. Posiblemente contribuyera a sufragar parte de la decoración interior o la continuación de algunas obras.
En la clave del 2º tramo se colocó un Pinjante de Mocárabes que llega a Aragón hacia 1378 traída por los artífices sevillanos que trabajaban en la Parroquieta de la Seo, en tiempos de D. Lope Fernández de Luna.
2ª Fase, (1385- finales del siglo XIV)
Prior del Santo Sepulcro Juan Pérez Torres (1385-1399). En 1385 por Acuerdo Capitular se adscriben rentas al santuario de Tobed con la finalidad de perfeccionar su fábrica y dotarlo convenientemente de ornamentos, de este acuerdo se deduce que faltaba el tercer tramo.
Durante esta fase se realizaría el tercer tramo, el coro alto, la hermosa fachada principal, las torres, el claustro y posiblemente parte de la decoración interior. Mahoma Calahorri, maestro de obras que había finalizado la Parroquieta de la Seo de Zaragoza en 1379 y las obras del monasterio del Sepulcro de Zaragoza hacia 1390, participa en las obras y la decoración interior dejando su firma en la balaustra de uno de los ventanales de la cabecera.
3ª Fase, 2ª década del siglo XV
A partir de 1410 y con el patrocinio del Papa Benedicto XIII cuyo escudo campea en la clave de la bóveda del último tramo de la Iglesia y en el alfarje.
Se finaliza el coro alto y se coloca el alfarje. Los ventanales del último tramo, con características del gótico flamígero, son realizados por el taller de yeserías que dirige Mahoma Ramí, éste adaptó las técnicas del gótico occidental al sistema de trabajo y decoración andalusíes. Se realizó una redecoración parcial del interior: las líneas de impostas de las capillas y bandas heráldicas del presbiterio con el escudo del Papa Luna.
Reformas durante los siglos XVI y XVIII:
• 1513-1531, Prior del Sepulcro don Juan Zapata, que en 1517 encarga el Templete de plata para el Icono regalado por el rey Martín el Humano (28 de febrero de 1400).
Durante esos años y utilizando el tramo central del antiguo claustro se construyó la Capilla Mayor dedicada a la Virgen, espacio de gran interés artístico y devocional guardado por una reja de forja y cárdinas doradas en el remate ( contrato de ejecución de 8 de agosto de 1525), similar a la existente en la iglesia de san Pablo de Zaragoza, y la Sacristía.
• Siglo XVIII. En 1737 se instala el órgano en una tribuna de la pared lateral de la nave principal, presidiendo el Coro bajo que se instala en este momento, que ocupó parte del tercer tramo de la iglesia y que inutilizó la puerta de la fachada principal del templo. Posiblemente sea de este momento la apertura de la puerta en el lado sur que abre a la plaza.
